Variabilní aplikace hnojiv (zejména dusíku) bývá většinou první variabilní aplikací, kterou farmy realizují. Přínos těchto aplikací je okamžitý a umožňují maximálně efektivní využití dusíku pro zvýšení výnosu i při stále přísnějších podmínkách nitrátové směrnice. Variabilní aplikace hnojiv vychází z toho, že je potřeba přistupovat k jednotlivým částem pole odlišně, podle toho, jaký výnosový potenciál se v jeho jednotlivých částech nachází.

Základním stavebním prvkem pro variabilní aplikaci hnojiv je zpracování mapy relativního výnosového potenciálu. Tato mapa rozděluje pole do jednotlivých zón podle toho, zda je jejich výnosový potenciál větší nebo menší v porovnání s ostatními zónami. Zóny se uvádějí v procentech (např. 95%, 100%, 105% atd.) a vyjadřují, o kolik procent je daná zóna lepší nebo horší než průměr. Pečlivé zpracování map relativního výnosového potenciálu je tedy základním kamenem pro správně provedenou variabilní aplikaci. Díky variabilní aplikaci je tak aplikována správná dávka hnojiva a nedochází k plýtvání a zatěžování životního prostředí, jak tomu je v případě homogenního hnojení.

Jelikož pánem pole je vždy agronom, je to právě on, kdo rozhodne o tom, jaké hnojivo a v jaké dávce se bude na pole aplikovat. Po zadání aplikace v Portálu Varistar je aplikační mapa nahrána na dálku do terminálu stroje a aplikace může začít.